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Thot est à l’origine le dieu d’Hermopolis et depuis le delta du Nil son culte gagna l’ensemble du pays. A l’origine, c’était le chef de l’administration qui dirigé son culte puis, à partir de la fin de Vème ce fut le monarque qui siégeait à Hermopolis qui récupéra la responsabilité.

Le grand dieu Rê vieillissant et fatigué des querelles humaines décida de gagner les hauteurs célestes afin de se reposer. Ainsi, il illuminait la Terre le jour et la nuit voyageait dans le monde de dessous. La terre restait donc privée de lumière la moitié du temps, c’est pourquoi Rê s’adressa au dieu Thot : « Tu seras à ma place, mon substitut.

On t’appellera Thot, celui qui est à la place de Rê. Tu entoureras les deux cieux de ta beauté et de ta clarté ». Ainsi, naquit la Lune qui marquait la nuit de sa clarté. Les égyptiens identifièrent donc le dieu Thot comme l’inventeur du calendrier.

Mais l’ingénieux Thot gagna au jeu avec la Lune et cinq jours supplémentaires furent rajoutés à la suite des douze mis de l’année. Ainsi, Nout put donner naissance à ses enfants : Osiris, Seth, Nephtys et Isis (le quatrième des « jours épagomènes »). Thot présidait à la pesée du cœur lors du jugement des défunts, il se plaçait à côté de la balance. Il notait le résultat du tribunal fixant ainsi le destin et garantissant l’équité.

Au mois de Thot (juillet/août) partout en Egypte était célébré le culte de Thot et le 19ème jour de ce mois une grande fête était organisée en son honneur. Des oracles étaient également rendus en son nom, la parole du dieu était proférée par l’intermédiaire d’un homme.
Le soin qu’il prodigua à l’œil d’Horus, Thot gagna le respect des médecins. Tout comme les scribes qui avant d’écrire se mettaient sous la protection du dieu, les médecins invoquaient également la protection de Thot.